Procedura kontroli skarbowej jest odmienna od kontroli podatkowej

Zakres kontroli skarbowej jest zdecydowanie szerszy od kontroli podatkowej. Pod względem przedmiotowym obejmuje bowiem całość spraw związanych z prawami majątkowymi Skarbu Państwa, z dochodami i wydatkami budżetu państwa oraz państwowych funduszy celowych, jak również spraw związanych z mieniem państwowym osób prawnych. Pod względem podmiotowym zaś jest to kontrola, której podlegają nie tylko podatnicy, płatnicy i inkasenci oraz wydatkujący środki budżetowe i zarządzający mieniem państwowym, lecz także urzędy i izby skarbowe.

Procedura kontroli skarbowej jest odmienna od kontroli podatkowej. Obejmuje następujące po sobie czynności: 1) wszczęcie postępowania kontrolnego, 2) przeprowadzenie czynności kontrolnych, 3) sporządzenie protokołu kontroli i zapoznaanie z jego treścią kontrolowanego, 4) rozpatrzenie zastrzeżeń wniesionych przez kontrolowanego, 5) przedstawienie kontrolowanemu na piśmie tzw. wyniku kontroli, 6) ewentualne przekazanie wyniku kontroli organowi podatkowemu dla podjęcia postępowania podatkowego.

Postępowanie kontrolne wszczyna inspektor na podstawie upoważnienia wydanego przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej, chyba że okoliczności faktyczne uzasadniają natychmiastowe podjęcie kontroli. O wszczęciu postępowania zawiadamia się kontrolowanego na piśmie, określając zakres, czas i miejsce kontroli oraz nazwisko inspektora prowadzącego kontrolę. Przeprowadzenie czynności

kontrolnych oraz związane z tym uprawnienia i obowiązki określają przepisy ustawy o kontroli skarbowej (art. 13-22). Czynności kontrolne kończy sporządzenie protokołu kontroli. W terminie 3 dni od podpisania protokołu kontrolowany może złożyć wyjaśnienia i zastrzeżenia do treści protokołu, a inspektor obowiązany jest ustosunkować się do nich w formie odpowiedniej adnotacji.